近日，植物学top期刊the plant journal在线发表了西南大学李加纳/卢坤教授团队发表题了为"spatio-temporal transcriptome profiling and subgenome analysis in the brassica napus”的研究论文，揭示了完整的甘蓝型油菜时空转录组图谱，挖掘了甘蓝型油菜生长和发育的重要基因。
该团队对甘蓝型油菜6个发育时期的24个组织器官进行了转录组分析，发现这些组织器官可以分为8类。甘蓝型油菜角果皮与根、茎、叶的功能部分相似。硫苷代谢过程在甘蓝型油菜根和角果皮发育过程中起着重要作用，蛋白磷酸化过程在花药和种子发育早期过程中起着重要作用。研究还鉴定到17,100个在不同组织器官中特异表达的基因，包括889个转录因子，发现转录因子的组织特异性强于结构基因。在基因共表达网络中，部分倾向表达基因被鉴定为hub基因，发现其可能通过多种激素信号通路实现对油菜不同组织器官发育的特异调节。另外，团队比较了甘蓝型油菜ac亚基因组同源基因的表达模式，发现甘蓝型油菜中不存在ac亚基因组表达优势。同源基因的时空表达差异与启动子中转座子和调控元件数目相关。本研究提供了完整的甘蓝型油菜转录组图谱，还挖掘了甘蓝型油菜生长和发育的重要基因。
基于上述结果，团队前期也构建了基因表达数据库brassicaedb（），实现了基因表达可视化，为油菜基因组研究提供了重要工具。
西南大学农学与生物科技学院和西部（重庆）科学城种质创制大科学中心魏丽娟副教授和杜海教授为论文的共同第一作者，李加纳教授、卢坤教授为该论文的共同通讯作者。研究得到了国家自然科学基金重点项目、面上项目、重庆英才计划、重庆市自然科学基金和西南大学种质资源创制项目的资助。
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撰稿人：魏丽娟