一、总体思路
新世纪我国农业正面临着由传统农业向现代农业转变，由计划经济向市场经济的转变，由粗放经营向集约化经营转变，由片面的追求产量向同时追求产量、品质和效益的方向转变。今后我国农业的发展不仅受到资源的制约，而且将承受市场和资源的双重压力。缓解上述压力、增加农民收入、保护生态环境，使我国农业在下个世纪可持续发展是当前我国农业面临的主要任务。入关以来，我国农业面临更加激烈的国际竞争，尽量地减小入关后国际竞争对我国农业的冲击，积极地参与国际竞争，是我国农业发展面临的又一个重大课题。
农学与生物科技学院目前既面临国内同行的激烈竞争，又面临综合型大学对传统农学学科发展的巨大压力。学院发展的大环境和小环境都是机会与挑战并存，但挑战大于机会。因此，学院的发展与生存要求学院必须对人才队伍结构作大的改造，提高自身的竞争能力，尽快建成研究型学院，以学术立院。
具体措施包括：以现代技术改造传统学科为手段，以高层次人才引进、培养、创新团队建设为核心，以作物应用基础研究为重点，向解决作物学重大理论问题和创造农作物新品种、新技术的两端延伸。造就一批在国内外农学界有影响的学术带头人，创造一批在国内外领先的科技成果，奠定学院在国内和校内的学术地位。
二、学科发展目标
总体目标：作物学一级学科进入西部一流，获得重庆市或教育部重点学科称号；作物遗传育种专业进入全国先进水平，获得国家级重点学科称号。
(一)作物遗传育种
以社会发展需要和产业化开发为目标，以作物遗传育种博士点为依托，以远源杂交、组织培养、细胞融合、总dna导入、基因工程等为研究手段，在重庆市作物改良重点实验室建设的基础上，重点研究杂种优势理论、近源植物重要经济品质性状遗传规律及重要基因的利用，选育优质高效新品种，同时为遗传理论研究和优质育种创造材料。要求十一五末期，作物遗传育种学科整体水平达到国内先进水平，部分研究达到国内领先或国际先进水平。重点研究方包括：
1、作物杂种优势利用。在开展作物杂种优势理论与方法研究的基础上，重点创造新型不育材料、强恢复力材料和选育强优势组合。以水稻、玉米、油菜杂种优势利用为重中之重。要求上述3个作物在5年内能以新品种为核心建立起经济支撑点，实现以科研养科研、发展科研的良性循环体系。
2、优质专用型品种选育。在品质性状遗传规律与育种方法研究的基础上，重点开展优质专用型作物新品种(优质稻、高油高赖氨酸玉米、有色大豆、彩色棉、优质棉、黄籽油菜、高蛋白饲料大小麦、糯小麦、能源型或加工型马铃薯、甘薯等)的选育，该研究重在创新，因此，除在现有育种材料中筛选适合深加工的品种以外，更应注重从近源植物中引入重要经济品质性状及重要基因，创造出特优质品种或育种亲本。要求每一品种材料都具有产业化开发价值并最终实现产业化。在基础研究方面，要求油菜、棉花品质育种理论研究达到国际先进水平，部分研究达到国内领先水平，要求水稻、玉米、麦类、薯类研究达到国内先进水平。
3、农业应用生物技术在育种和作物生产中的应用。以实用新型技术研究为重点，以公司的风险投入为资金来源，研究内容包括开发高效、低毒的植物生长调节剂，开发环境友好的含油量促进剂、雄不育诱导剂等；开展花木药材组织快繁、小孢子培养等技术的研究以及工业化生产的研究；要求5年内能有2-3个产品或技术实现规模化生产，技术投入的回报能支撑后续研究工作的开展。发展完善小孢子培养、染色体加倍、温室加代等高效育种技术体系，实现规模化和标准化。
4、种子工程系统研究。针对种子法出台和入世后种子行业的新形势，研究种子生产、营销、储藏、加工、检验的新技术、新方法、新标准。
5、现代作物育种理论与方法研究。重点开展作物分子育种的理论、技术及育种实践研究。其中包括重要作物高密度遗传连锁图谱构建，qtl定位方法及重要经济性状qtl定位，分子标记辅助育种，重要品质、抗性基因定位、克隆、基因工程研究等。要求在该方向上的研究有区别于国内外的特色，在qtl定位和重要品质、抗性基因的基因工程研究方面达到国内先进水平。
(二)生态农业与可持续发展
重庆市自然条件复杂，气象和生物性灾害频繁，农户规模小而分散，技术、生产和经营管理又偏经验而少量化和集成。要大力加强农业生态环境学的研究，有效地缓解库区农业生态环境持续恶化的局面，同时，针对库区山多土薄、水肥资源不足，光、温资源利用率低等问题，开展与山地农业、生态农业和设施农业相配套的基础理论和实用技术研究。重点发展方向包括：
1、精细农业的理论与方法研究：针对库区生态环境和农业生产水平，逐步建立起适合于重庆山地情况的“精细农业”示范工程体系。如主要作物简化栽培技术（种子包衣、抛秧、精细播种）、节水地面灌溉、微灌、喷灌的需水量预报模型;最佳灌溉施肥时间和灌溉施肥量的确定和预报方法;节水灌溉水肥耦合技术;适合山区特点的土壤墒情诊断技术;代表性作物的非充分灌溉技术和调亏灌溉技术;节氮增效技术等。要求具有库区和山地生态农业特色，部分研究达到国内先进水平。
2、大田作物设施农业中高效栽培模式研究：重点研究作物杂交制种、亲本繁殖以及名贵中药材在保护地栽培条件下的优化栽培技术以及设施栽培的温、湿、co2等环控技术。要求研究出实用栽培技术并投入产业化运作。
3、农业可持续发展理论与技术研究：重点研究适合库区和山区生态特点的新型栽培耕作制度，解决或改善库区坡耕地因不良栽培耕作模式而造成的水土流失和氮肥环境污染问题，研究生态农业及山区农业理论体系、生态农业规划设计与技术总成。要求在理论和技术上有一定创新，达到国内先进水平。
4、绿色粮油食品生产技术与理论：重点研究适合绿色食品生产的农田生态、优质高效生产栽培技术、绿色粮油食品生产技术规程、生产标准。
三、学科梯队与人才培养
十一五期间学院总人数控制在90人以内，主要增加有国外研究背景的学术带头人。
1、作物遗传育种：以重点学科建设为核心，争取博士后流动站和国家级重点学科。五年内引进3-5名在国外工作过多年，在某一研究方向上取得过突出成绩的学术带头人。本专业教师具博士学位的比例达到50%以上。人才培养目标：博士生导师达到8人，在读博士生达到40人，相关专业硕士生达到120人。
2、生态农业与可持续发展：以生态学、耕作与栽培学两个博士、硕士点建设为核心，建设好重庆市重点学科。五年内引进1-2名在国外工作过多年，在某一研究方向上取得过突出成绩的学术带头人。本专业教师具博士学位的比例达到40%以上。人才培养目标：博士生导师达到4人，在读博士生达到20人，相关专业在读硕士生达到80人。
四、科学研究与条件建设
（一）科学研究
十一五期间，学院要申请承担各级项目100项以上，其中国家973、863、国家支撑项目10项以上，国家自然科学基金项目10项以上，争取到位科研经费800 万元以上；争取获得国家和省级科技成果奖5项，育成新品种15个（其中3－5个通过国家审定）以上，申报国家发明专利10个以上；在国内外发表学术论文200多篇，主编和参编规划教材10多部。
五年转让成果和技术20项以上，转让金额1000多万元，新品种推广2000多万亩，进一步依托利农一把手公司、环球石化公司等企业，开展成果转化工作，扩大学院影响，获取经济效益，促进学科发展。
（二）条件建设
十一五期间争取获得教育部211项目、重庆市科委三大平台建设项目、重庆市教委重点学科重点实验室建设项目和学校的大力支持，在实验室条件和人才培育能力建设上有一个显著提高。五年内，学院要争取教育部作物品质改良重点实验室、重庆市作物分子育种重点实验室和重庆市甘薯工程技术研究中心。累计争取获得建设经费2000万元以上，建立现代化的现代农业试验园区、作物科研基地和实验室平台。试验条件达到西部一流。
五、教学条件与质量建设
（一）教学条件建设
十一五期间，研究生和本科生教学实验条件建设经费不少于500万元，初步建成研究生专业基础和专业教学实验室、本科生创新研究及毕业论文实验室，加强完善作物科学教学实验室和生理生化教学实验室等两个本科教学实验室。要求到十一五末，研究生和本科教学条件达到国内先进水平。
（二）教学质量建设
在完成好本科教学评估的基础上，十一五期间本科生、研究生教育要有一个质的飞跃。具体指标要求达到：
1、研究生课程教师基本上由具有博士学位的副高以上教师承担；本科生课程基本上由具有硕士学位的中级职称以上教师担任；实验教学和管理人员基本具备硕士学位。
2、教学质量考核良好以下的教师基本不承担一线教学任务。
3、保质保量开设出本科生、研究生教学大纲要求的所有实验内容。
4、三个本科专业的双语教学课程门数分别达到4门以上。
5、建立稳定的毕业实习教育基地。
6、继续抓好本科生创新研究工作，抓好优秀本科生面试研究生选拔和优秀研究生硕博连读选拔工作，提高研究生基本素质。
7、争取至少一篇博士论文获得国家百篇优秀论文或获得提名；4-5名硕士或博士论文获得重庆市优秀论文；2-3名本科生获得国家“挑战杯”奖励。